Евгеније, при крштењу Евтимије, Симоновић, родио се 6. јануара 1815. године у Белој Цркви у Банату од оца Вићентија и мајке Ане. Учио је основне српске школе од школске 1822-23. до 1824-25, а потом основне немачке школе од 1825-26. до краја априла 1829. године у Белој Цркви као месту рођења. Потпуни курс Гимназијских наука, похађао је од месеца маја 1829. до 1832. године у Сремским Карловцима. Богословске науке завршио је у Вршцу, у Банату од 1833-34. до 1835-36, а Филозофске науке 1837-38. и 1838-39. године на Универзитету у Пешти.

У јавној служби у достојанству епархијског епископа је од 25. септембра 1865. године. Пре тога, дошавши у Србију 1839. године,  био је професор на Богословији у Београду од 1. августа 1839. до 9. јула 1841. године, а тога дана је постављен за регистратора Књажеске канцеларије и у том је звању до 26. октобра 1841. Потом прелази за професора Београдске богословије и ту ради до 25. септембра 1865. године, где је седам мандата био ректор богословије. Поред дужности професора и ректора обављао је и дужност настојатеља манастира Манасије и то од 20. децембра 1854. до 25. новембра 1861. године. Замонашио се 1841. године, 1854. је рукоположен за архимандрита манастира Манасије, а 1865. изабран за епископа неготинског. Био је члан Српског ученог друштва. Умро је 24. априла 1880. године у Неготину, где је и сахрањен.

Архимандрит Евгеније се и поред обавеза на богословији старао и о манастиру Манасији. Обновио је манастирски конак 1856. године и набавио за њега нов намештај, одежде, црквене сасуде и књиге. Сазидао је на месту старе воденице нову и подигао барутану. Купио је дан ораће земље и засадио виноград. У његово време, 1857. године, руска царица Маруја Александровна, супруга руског императора Александра II, приложила је манастиру у сребру оковано и позлаћено јеванђеље и један сребрни и позлаћени крст са распећем. По његовом налогу и о његовом трошку сликар Стева Тодоровић је 1858. године урадио цртеж манастира и слику деспота Стрфана, а литографија је наредне године штампана у Бечу.

Његово најзначајније дело је монографија манастира Манасије „Опис манастира Манасије“ коју је издао 1866. године у Београду.